现代针灸学体系完全不同于传统针灸学。
第一，现代针灸学的理论基础不同于传统针灸学，前者是以运用现代科学技术、方法对相关问题的研究所获取的现代科学意义上的规律作为指导理论，机制的阐明完全立足于现代科学意义的相关知识体系，并以神经-内分泌-免疫网络学说及腧穴作用规律、针刺作用的四大规律为该体系的理论核心；而传统针灸学则是以阴阳五行学说、脏腑气血学说、经络学说等为基本理论。
第二，在临床上，现代针灸学充分利用现代诊疗技术和方法，以辨病为主导，针刺手法注重的是强弱刺激与针刺效应的关系；而传统针灸学则是借助四诊八纲以辨证为主导，针刺手法强调的是补泻。
一、腧穴作用的基本规律与临床取穴组方
针灸治疗方案涉及的取穴组方应当遵循腧穴作用的基本规律，或者说取穴组方应当以腧穴作用的基本规律为指导。
最近50年的大量研究证实，腧穴作用的基本规律与神经的节段性支配密切相关，即某一腧穴的主要作用范围取决于与之相同或相近的神经节段的支配空间，也就是说处在相同或相近的神经节段支配的区内的腧穴具有类同的调节作用。根据这些研究，我们将腧穴的特异性定义为：处在相同或相近神经节段支配区内的腧穴在治疗或调节作用上与较远的神经节段支配区的腧穴的差异性。大量研究表明，针刺某一腧穴所产生的主要调节作用的范围都是由与之相关的神经节段的支配空间所决定的。事实上，如果把十四正经上的各个腧穴按文献记载的主治作用逐一与神经节段性支配关系进行核查时，从总体上来看，大多数腧穴的主治病症与神经节段性支配关系相吻合，这一规律对位于躯干部的腧穴尤为典型。位于四肢的少部分腧穴除了能够治疗与之相关的节段支配区内的病症之外，还可以治疗与之相距较远神经节段支配区的疾病，这种情况主要是脊髓内的固有束及超分支结构的高位中枢等因素所决定的。这就是说现代针灸学在总结腧穴作用规律时，也注意到了由超分节结构的高位中枢及体液因素所决定的个别腧穴的某些特殊作用，但这些特殊作用的存在并不是否定腧穴作用基本规律的依据，而是对这一基本规律的补充。
针刺腧穴所产生的调节作用虽然十分复杂，但从针刺腧穴所产生的范围来讲，可将针刺效应概括为两大主要类别：一类是节段性效应，另一类是整体性效应。针刺任何一个传统腧穴时，这两类效应均同时产生，只是二者的范围、强度有所差异。针刺某一腧穴时，分布于相关神经节段支配区内的器官系统所受到的影响，往往是节段性效应与整体性效应的叠加；而分布于与该穴相距较远的神经节段（非相关的神经节段）支配区内的器官系统所受到的影响，往往只有整体性效应。腧穴作用的这一基本规律是腧穴特异性的本质反映，因而此规律决定了现代针灸临床的基本取穴原则，即临床上应当取用与发病器官系统处在相关神经节段支配区内的腧穴。当然，这一取穴原则并不适用于另外一类穴位，即耳穴等全息穴位。腧穴包括两个系统：一个是传统经穴系统，另一个是全息穴位系统。全息穴位系统在临床上的运用遵循着全息生物医学的有关理论。全息生物医学是一门介于传统中医学、针灸学及现代生物学、现代医学之间的边缘学科。
穴位作用规律的研究，不但要弄清楚作用于每个器官系统的穴位分别是哪一些，还要弄清楚作用于各器官系统的穴位的作用强度，并依据穴位作用强度的大小及安全风险或操作的方便与否，将作用于各器官系统的穴位区分为第一线穴位、第二线穴位乃至第三线穴位（或只分为第一线穴位、第二线穴位两类）。第一线穴位是临床治疗中的首选穴位，第二线穴位和第三线穴位则属于备选穴位。
另外，中药组方讲究君、臣、佐、使，即不同的中药在同一个组方中所起的作用是不同的。针灸处方也应当注意这个问题，由于穴位组合在一起的联合作用比较复杂，在没有弄清是发挥协同作用，还是拮抗作用的情况下，我们主张选用的穴位越少越好，无论是一线穴位，还是备选穴位均要少而精。
